Seit Typo3 4.0 gibt es die Möglichkeit, in Typo3 eine 404-Seite zu erstellen.
Dazu erstellt man eine entsprechende Seite in Typo3 (Titel 404 oä) mit zB einem Suchefeld und/oder einer Sitemap.
Diese Seite (http://www.xyz.de/index.php?id=diezahl - wobei "diezahl" die ID der Seite ist) wird unter Tools > Installation > All Configuration > [pageNotFound_handling] eingetragen.
In der Anleitung steht zwar "Create a hidden page", aber versteckt produzierte mir die 404er Seite eine Fehlermeldung:
Die aufgerufene Website leitet die Anfrage so um, dass sie nie beendet werden kann.
Das ist natürlich nicht so schön :)